Resultados do projeto BIOFOCO III

 

 

I - Project Portal

 

A Biofoco III project portal was created using the wiki technology. Two areas are available on the portal: one for the general public, with research information, new algorithms and new developed tools, and a resticted area for the internal use for the participants of the project.

II - Algorithms

 

n3GC

    n3GC is a tool to compare genes of three genomes, at sequence level. It uses the concept of BBH implemented with All-versus-all Blast search to indicate families of paralogous genes and groups of these families among three organisms. - http://egg.dct.ufms.br/n3gc/

BioAgents

    A Multiagent Tool for Manual Annotation Recommendation on Genome Sequencing Projects.

SOM-Portrait

 SVM-Portrait

    Ab Initio ncRNA predictio. PORTRAIT is suitable for ncRNA analysis of transcriptomes from poorly characterized species. Sequences are translated by software that is resistant to sequencing errors, and the predicted putative proteins, along with their source transcripts, are evaluated for coding potential by a support vector machine (SVM). Either of two SVM models may be employed: if a putative protein is found, a protein-dependent SVM model is used; if it is not found, a protein-independent SVM model is used instead. Only ab initio features are extracted, so that no homology information is needed.

Vias Metabolicas

 

III - Sistemas Distribuidos

 

P2P-Biofoco é um sistema distribuído, escrito em Java, que permite a conexão totalmente descentralizada de máquinas pertencentes a domínios de rede distintos. Arquivos de configuração em XML especificam as máquinas que fazem parte do sistema, sendo que tais máquinas oferecem serviços remotos, tais como a execução remota de programas de Bioinformática como BLAST e Interpro, por exemplo, através de uma interface baseada no protocolo HTTP(S).

A arquitetura distribuída do sistema segue os preceitos do paradigma peer-to-peer (P2P), isto é, cada peer pode conectar a qualquer outro peer da rede. Isto permite ao sistema obter resiliência, flexibilidade, e escalabilidade. Cada máquina do sistema P2P-Biofoco pode, a princípio, agir tanto como uma máquina de submissão de trabalhos (jobs) quanto como uma máquina de execução (worker).

Através da implementação de um escalonador embutido, os trabalhos podem ser divididos em várias unidades menores e submetidos de forma independente para um sub-conjunto de máquinas pertencentes ao sistema. A máquina que enviou os dados e comandos de operação é responsável pelo monitoramento, recuperação de resultados, e tratamento de eventuais falhas em alguns dos nós da rede encarregados do processamento.

 

 

IV - Hardware reconfigurado

 

V - Artigos / Dissertações / Teses

 

1) Análise de Nutrientes Utilizando Redes Metabólicas - Paulo Vieira Milreu

Dissertação de Mestrado apresentada ao Departamento de Computação e Estatísticado Centro de Ciencias Exatas e Tecnologia da Universidade Federal do Mato Grosso do Sul

2) Classificação de sequências de RNAs não-codificantes através da distancia de compressão normalizada - Habib Asseiss Neto / Sérgio Ronaldo Alves de Sousa Júnior

 Monografia apresentada ao Departamento de Computação e Estatística - Universidade Federal do Mato Grosso do Sul